Üniversitemiz 03.07.1992 tarihli 3837 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin değiştirilerek kabulüne dair 2809 Sayılı Kanun ile 78 ve 190 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun uyarınca 1992 yılında kurulmuştur. Fakültemiz üniversitemizin kuruluş kanununda yer alan Fen-Edebiyat, Nazilli İktisadi ve İdari Bilimler, Tıp, Veteriner, Ziraat Fakülteleri olmak üzere beş fakülteden biridir. Kuruluşunda Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü ile eğitim-öğretime başlayan Fen-Edebiyat Fakültesi, 1999-2000 eğitim-öğretim yılında, Arkeoloji ve Sanat Tarihi ile Biyoloji, 2000-2001 eğitim-öğretim yılında Matematik, Kimya, Sosyoloji, 2002-2003 eğitim-öğretim yılında Tarih, 2005-2006 eğitim-öğretim yılında Psikoloji ile Fransız Dili ve Edebiyatı, 2006-2007 eğitim-öğretim yılı Fizik ile Felsefe bölümleri faaliyete geçmiştir.
26.07.2022 tarihli ve 31904 Sayılı Resmî Gazete'de yayınlanan Cumhurbaşkanı Kararıyla (Karar Sayısı: 5868), Fen Fakültesi olarak ayrılmış olup 2022-2023 eğitim-öğretim yılı itibariyle Biyoloji, Fizik, Kimya ve Matematik olmak üzere dört akademik bölüm ile eğitim-öğretim faaliyeti sürdürmekteyiz.